C'est le 23 décembre 1965 que Monsieur Ernst Jakob Schmidheiny, industriel, et son épouse Lucie Anna, ont fait don d'une somme importante à l'Université de Genève en constituant la Fondation qui portera désormais leur nom, Ernst et Lucie Schmidheiny.

Le siège de la Fondation a son domicile administratif à Genève, dans les bâtiments de l'Université, à l'ancienne Ecole de Médecine.